திருசன்னிதிக்கு வரும் பக்தர்களுக்கு மிகவும் பிடித்தமான அர்ச்சனை சன்னிதானம் புஷ்பாபிஷேகம்.  உத்திஷ்டகார்ய சித்திக்கு புஷ்பாபிஷேகம் சுவாமி ஐயப்பனுக்கு மிகவும் பிடித்தமான அபிஷேகம் என்று புராணங்கள் கூறுகின்றன.

 தினமும் மாலை ஏழு மணி முதல் ஒன்பது மணி வரை மேல் சாந்தி தலைமையில் புஷ்பாபிஷேகம் நடக்கிறது.  மலர் அபிஷேகம் செய்யும் குழுவில் ஐந்து பேருக்கு சிறப்பு தரிசனம் மற்றும் சிறப்பு பூஜைகள் செய்யப்படும்.  ஒரு மலர் அபிஷேகம் ரூ.12,500 செலவாகும்.

 தாமரை, துளசி, கூவளம், விரிச்சி, சாமந்தி, மல்லிகை மற்றும் ரோஜா -- எட்டு வகையான மலர்கள் முக்கியமாக மலர் புஷ்பாபிஷேகத்திற்கு. பயன்படுத்தப்படுகிறது இவை அனைத்தும் கேரள எல்லையைத் தாண்டி வருகின்றன.  கம்பம், திண்டுக்கல், ஓசூர் போன்ற தோட்டங்களில் இருந்து நேரடியாக சேகரிக்கப்பட்டு பம்பை சென்றடையும்.  இங்கிருந்து டிராக்டரில் அய்யன் சன்னதிக்கும்

  சன்னிதானத்தில் தினமும் சராசரியாக 12 புஷ்பர்ச்சனைகள் நடைபெறுகின்றன.  நவம்பர் 17ம் தேதி முதல் டிசம்பர் 3ம் தேதி வரை 461 புஷ்பாபிஷேகம்  செய்யப்பட்டுள்ளன 

 சபரிமலையில் புஷ்பார்ச்சனை மட்டுமின்றி அஷ்டபிஷேகம், களபாபிஷேகம், நெய் அபிஷேகம், மாளிகைப்புறத்தில் பகவதிசேவை ஆகியவையும் முக்கிய பூஜைகள்.  காலை 5.30 மணி முதல் 11.30 மணி வரை அஷ்டாபிஷேகமும், மதியம் 12.30 மணிக்கு களபாபிஷேகமும், அதிகாலை 3.30 மணி முதல் 11  மணி வரை நெய் அபிஷேகமும் நடக்கிறது..